Վերականգնումից հետո Ամրակիցի Սուրբ Նիկողայոս եկեղեցին ուշադրություն է գրավել իր վառ կապույտ պատերով և կանաչ տանիքով։ Շատ այցելուների համար այս գունային լուծումը կարող էր թվալ ժամանակակից վերականգնման արդյունք։

Սակայն եկեղեցու ներկայիս գունային համադրությունը հիմնված է պատմական ուսումնասիրությունների վրա։

Վերականգնման ընթացքում մասնագետներն ուսումնասիրել են ինչպես արխիվային լուսանկարները, այնպես էլ եկեղեցու պատերին պահպանված ներկի սկզբնական շերտերը։ Այդ ուսումնասիրությունների հիման վրա որոշվել է վերականգնել կառույցի պատմական գունային տեսքը։

Այսպիսով, այսօր տեսանելի վառ կապույտ պատերն ու կանաչ տանիքը ժամանակակից դիզայներական լուծում չեն, այլ եկեղեցու պատմական տեսքը՝ առկա փաստական հիմքերի համաձայն, հնարավորինս հավատարիմ վերարտադրելու փորձ։

Այս կերպ Ամրակիցի Սուրբ Նիկողայոս եկեղեցին պահպանվում է ոչ միայն որպես ճարտարապետական ժառանգության հուշարձան, այլև որպես իր անցյալի մասին կարևոր վկայություններ կրող կառույց։